La Dirección de Aeronáutica Civil, mediante la Resolución N°68-SA de 27 de junio de 1975, crea la Escuela de Aeronáutica Civil como un Departamento dentro de la entidad, lo cual, se le asignó el adiestramiento del personal aeronáutico para la aviación panameña, con el tiempo también se extendió a la formación de personal aeronáutico del extranjero por la calidad del producto generado en este centro educativo.
La Escuela de Aeronáutica Civil tuvo como objetivo de resolver la escasez de personal aeronáutico, asegurando que sus egresados reunieran los requisitos, conocimientos y pericias para optar por las licencias y habilitaciones según las normas vigentes en ese entonces.
En el 2001 fue establecido el Centro de Educación Superior no Universitario Oficial, denominado Instituto Superior de Ciencias y Tecnología Aeronáuticas (ICTA) como Tercer Nivel de Enseñanza o Educación Superior, avalado por El Ministerio de Educación (MEDUCA) y dentro de la estructura administrativa de la Dirección de Aeronáutica Civil (DAC) con jerarquía de Dirección, para preparar cursos y carreras conducentes a la formación profesional especializada.
Mediante Nota ICTA/018-08 de 24 de enero de 2008, se solicita el cambio de nombre del Instituto Superior de Ciencias y Tecnologías (ICTA) a fin de cumplir con lo establecido en la Ley 21 de 29 de enero de 2003, quedando el Artículo Primero del Decreto Ejecutivo 254 de 26 de julio de 2001 de la siguiente manera: "Crease el Centro Educativo Oficial, de la modalidad superior no universitaria del Tercer Nivel de Enseñanza o Superior, denominado Instituto Superior de Formación Profesional Aeronáutica (ISFPA).
Actualmente, las instalaciones del Instituto Superior de Formación Profesional Aeronáutica (ISFPA) se encuentra en el edificio 611, ubicado en la Avenida Ascanio Villalaz. Las nuevas infraestructuras cumplen con los estándares de calidad educativa y cuenta con cómodas aulas de clases, salón virtual, salón de reuniones, biblioteca aeronáutica, etc. Sus programas académicos son competitivos y han sido actualizados para estar a la vanguardia de otros centros educativos de la región.
En el 2019 el Instituto Superior de Formación Profesional (ISFPA) obtiene la certificación como Miembro Asociado "Trainair Plus" otorgada por la Organización de Aviación Civil Internacional (OACI), donde certifica al ISFPA como centro de formación que cumple con los niveles técnicos requeridos, convirtiéndose de esta manera en Centro de Entrenamiento Aeronáutico de capacitación a nivel internacional.